对于运行中的洁净室，末端高效过滤器的价值并不高，全部加起来可能还不到用户几个小时的产值，但更换末端高效过滤器的风险和间接费用会很高。更换过滤器时要停产，停产损失只有业主自己能算出来，这笔损失肯定比过滤器的备件费用高。更换高效过滤器是十分仔细的操作，洁净室内的任何东西都可能价值昂贵，破坏一个部件其损失可能高于全部过滤器的费用。更换过滤器后要由专业人员进行检测，有时还要对空调系统进行调试，还要经过一段时间的试运行。检测、调试、试运行，三项费用加到一起，可能会与过滤器价格不相上下。聪明的业主总是希望尽可能地延长高效过滤器的使用寿命，不是为了省过滤器那几个钱，他们是想避免因更换过滤器而产生的一堆麻烦。
要延长高效过滤器的使用寿命，最根本的办法是将灰尘挡在预过滤器。更换预过滤器一般无须停产，无须调试，所以有经验的业主会把注意力和金钱花在预过滤器及保护级中级过滤器上。对于10K级和100K级洁净厂房，预过滤选用G4、中级可选用F8过滤器（比色法95%），这样，末端高效过滤器的使用寿命一般可达5年。在国外项目中和国内新建项目中，F8过滤器是非均匀流洁净室最常见的预过滤器。
有些场合，对高效过滤器使用寿命的规定不是出于对阻力的考虑，而是其它因素。若厂房中有氢氟酸，而车间空调又不是全新风系统，高效过滤器中的玻璃纤维滤纸会受到回风的腐蚀，为了安全，必须定期更换高效过滤器。有些大的制药厂，每年雨季过后要更换高效过滤器，为的是防止过滤器上任何可能的霉菌污染。有些生物实验室和与危险品打交道的实验室，在开展一项新的重要课题前，为了可靠会要求使用新的高效过滤器。
高效过滤器更换周期
初效过滤器一般2-3个月更换一次，每半年更换一次，这样高效过滤器的寿命一般能在2年以上；
但为保护后级高级别过滤器使用及保障洁净室安全运行，许多聪明的业主每月更换初效，每3个月更换中效及亚高效（或者前面所述风柜内末段选用高效做保护过滤器），这样可以保证高效过滤器5年（甚至10年）以上的使用寿命，而且因为更换后的新过滤器阻力小，空调负荷大大减少，而过滤器更换的费用远小于空调运行所需的电费，频繁更换前级预过滤器实际上是使空调在低阻力负荷下运行，节省了大量电费；
1 在高效过滤器的运输和存放时，应按照生产厂标志的方向搁置。运输过程中应轻拿轻放，防止剧烈振动和碰撞，以免造成人为的损坏。
2 高效过滤器安装前，必须对洁净室进行清扫、擦拭、净化空调系统内部如有积尘，应再次清扫、擦拭，达到清洁要求。如在技术夹层或吊顶内安装高效过滤器，则技术夹层或吊顶内也应进行全面清扫、擦拭。
3 洁净室及净化空调系统达到清洁要求后，净化空调系统必须试运转。连续运转12h以上，再次清扫、擦拭洁净室后立即安装高效过滤器。
4 高效过滤器安装前，必须在安装现场拆开包装进行外观检查，内容包括滤纸、密封胶和框架有无毛刺和锈斑（金属框）：有无产品合格证，技术性能是否符合设计要求。然后进行捡漏。（见附录六、一）经检查和捡漏合格的应立即安装。安装时应根据各台过滤器的阻力大小进行合理调配，对于单向流，同一风口或送风面上的各过滤器之间，每台额定阻力和各台平均阻力相差应小于5%。
5 安装高效过滤器的框架应平整。每个高效过滤器的安装框架平整度允许偏差不大于1mm。而且要保持过滤器的外框上箭头和气流方向一致。当其垂直安装时，滤纸折痕应垂直于地面。
6 高效过滤器和框架之间的密封一般采用密封垫、不干胶、负压密封、液槽密封和双环密封等方法时，都必须把填料表面、过滤器边框表面和框架表面及液槽擦拭干净。密封垫的厚度不宜超过8mm，压缩率为25%~30%。其接头形式和材质应符合设计要求，框架各接缝处不得有渗漏现象。采用双环密封条时，粘贴密封时不要把环腔上的孔眼堵住；双环密封和负压密封都必须保持负压管道畅通。
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